1941年3月11日，朱可夫与铁木辛哥一起签署了“战略部署修订计划”（MP-41），该计划已经得到斯大林的批准。这份极其重要的文件规定在战争开始之前，红军西线面对进攻时的主要任务。它是1940年11月计划的翻版，用1941年1月图上推演（Kriegspiel）中得出的几个教训加以修订。其主要条款被朱可夫笨拙地隐藏于《回忆录》中。他承认其中有一个错误，但立刻就把它推到了斯大林身上：他说苏联的大批资源都置放在普里皮亚季河的南部，而德军进攻的重心将在普里皮亚季河的北部。这其实将该计划建基其上的那些错误的前提条件都掩盖住了。苏联的将领并不真的关心德军宣战后会从哪儿进攻、何时进攻，照他们看来，总归会有人起头先跳舞。对他们来说，立刻组织军队反攻——从哪儿开始反攻及反攻的深层目标——才最重要。正如图上推演（Kriegspiel）所表明的，将从利沃夫发起打击，目标是德国的西里西亚，以期“将德军同其巴尔干盟国隔离开来”。
MP-41计划的文本尚未全部刊发。俄罗斯关于该问题最好的专家之一尤里•戈尔科夫认为斯大林并未为其背书。未全文刊发就是一个证据，说明他没有签署该文件。不管怎么说，肯定的是这份计划向他提交过。那在1941年3月17和18日召开的两次夜间会议上，铁木辛哥和朱可夫为什么会同斯大林商讨了七个半小时还多呢？在巴尔干诸国危机重重的这一时刻，我们看不出还有其他事能让这三个人商谈这么长的时间。斯大林没有签署，并不意味着他没有口头同意。他经常这么做，这样就能在失败的时候，减轻自己的责任。
MP-41计划规定了如何使用军力，但这种军力充其量要到1942年1月才会存在。提及的数字相当大——870万人，300个整备师，33个机械化军，333个空战团——这是典型斯大林式的夸大其词，而非苏联真实的经济实力。因此，我们对朱可夫最严厉的责备就是，正是他让斯大林确信1941年什么都不会发生。他甚至在这一年里没让自己的国家进行真正的防御工作。他违反了自己的原则——切勿低估对手——还幻想着能通过一场遭遇战打败德国国防军的坦克部队和空军。他甚至还完全同意那个荒唐的想法，即他所设想的庞大军力，通过在边境地区秘密动员（Skrytym Poriadkom），就能纷至沓来。这项胡言乱语的计划既未考虑到真实布防的军力，亦未考虑到敌人的军力已经使红军来不及对其他可行战略进行考量，尤其是防御，得用空间来换时间。那我们是否可以说，朱可夫只不过是与伏龙芝和图哈切夫斯基纯粹进攻的战略一脉相承呢？我们将注意到他所赞同的这项计划，其粗略的内容已于1940年10月14日得到斯大林的首肯，也得到总参谋部的那些前辈，国防部长铁木辛哥，及政治局的同意，因此在此情况下，他怎么胆敢仅凭一己之力而与这种共识顶撞呢？华西列夫斯基这样的聪明人难道不是不仅同意，而且还在纸上记下了这项计划的要点吗？25年后，他不是仍然写道这是一项好的计划吗？事实是朱可夫甚至没法喊出“皇帝没穿衣服”这样的话，因为他本质上是同意自己所提的这项计划的。
就在3月份，朱可夫向铁木辛哥提交了一份由瓦图京撰写的报告，提到红军主要缺什么的问题。报告强调了德军进攻时，红军的弱点会变得极具灾难性：无线电通讯技术刚刚起步，反坦克炮和迫击炮配备不足，空军一片混乱，缺少工程兵，战场防御工事迟迟未造好，等等。斯大林知道后，就要朱可夫于周六晚上去昆采沃见他。朱可夫相当紧张，对领袖住的这栋有名的别墅连看都顾不上看，这毫无疑问解释了他没说出的那些话。铁木辛哥已在那儿，在场的还有政治局的几个委员，无疑都是斯大林的心腹，莫洛托夫，米高扬，卡冈诺维奇，马林科夫。斯大林让他讲讲总参谋部的情况。
“我简短地阐述了已在提呈人民委员会过目的报告中说到的那些内容之后，便说考虑到军事政治形势的复杂性，采取紧急措施，及时将西部边境地区的防御体系和军队里存在的不足之处解决好，已成为当务之急。
莫洛托夫打断我：‘所以您认为我们将不得不和德国人开战？’
‘等等再说……’斯大林对他说。
……斯大林邀请我们共进晚餐。……喝完浓郁的乌克兰甜菜汤，又上了很好吃的牛肉荞麦粥，糖煮水果，最后上了水果。斯大林心情很好，开了很多玩笑。他喝的是名叫赫万奇卡拉的低度的格鲁吉亚葡萄酒，还让别人一起喝，但宾客们更喜欢香槟。
结束的时候，斯大林说他还得再考虑考虑……”
就算他签署了MP-41计划——要注意的是，当时认为若有需要，则应尽早于1942年执行该计划——但朱可夫每天仍会发现红军不适应如此高强度战争究竟到了何种程度。因此，他在《回忆录》里说：“1941年春……我觉得无论是总参谋部，国防人民委员会，还是军队指挥员和各兵种都没有应对战争的司令部，否则他们就能坐镇指挥，快速下达武装力量统帅部的指令，接收和分析报告。
他们根本就不知道抓紧时间……去搭建这样的指挥哨所。”
具体而言，红军的高级指挥部并没有可靠、多余的通讯设备，保护设施，操作员和密码等所有这些可让他指挥战斗的东西。他们依赖的是民用电话网和电报网，以及几个不中用的高频无线电站。指挥员和边境地区部队联络一旦中断，就将成为来年夏天那场灾难的首要原因。
元帅在《回忆录》里也承认了其他几个错误。尽管他坚决不认为防御工事造得不多是他的责任，但他还是承认是他强烈要求在燃料、弹药和零件库前的防线边上造的工事。大量库存就这样立刻落入了德军的手中；仅此一点，没了弹药便根本不可能组织起防守。但仍需强调的是，如果说这些资源放在这么前面的地方，那是因为红军认为他们马上就能发起反攻，所以根本就没想到防御。
他还承认了另外一点，即战争一开始，根本就没想到什么理论。“在1941年春修订作战计划时，我们并未充分意识到这些新的作战方法在战争初期会产生什么样的效果。国防人民委员会和总参谋部都认为德国和苏联两个大国之间的战争会按照以前存在的那种模式从两个方面开始：边境发生战斗之后过几天，就会大举进攻。”
考虑到他们曾亲眼见过1939年9月1日德国国防军从一开始起便集全军之力进攻波兰这一前车之鉴，那包括朱可夫在内的苏联将领在这一点上便愈是有罪。伊塞尔松在因芬兰战争不利而失宠的那段短暂的时期内，深刻地反思了这场冲突。在一本颇具预言性的著作——Novye Formy Borby（战争的新形势）——里，他从9月1日的这件事当中分辨出了一个“新的现象”。他说，将来，再也不会宣战，不会像1914年那场战争那样有着动员-集中-部署如此分明的阶段。进攻将突如其来，规模浩大，集中所有资源，使击打的效果达到最大化。由于侵略者今后将无法完全掩盖其备战工作，所以就必须使自己的意图变得模棱两可：可以说成是施压，虚张声势，讹诈，或真为进攻作准备，而对手则会因犹疑而自缚手脚。他说，波兰就是如此，德国空军首先出其不意地打击了机场，然后获得制空权，就开始夺取指挥所、桥梁、公路和铁路，而非与部队发生冲撞：波兰人完全被麻痹了。他的这番描述完全符合1941年6月的战事！如果斯大林读过这本著作，思考过这本著作，那他就会从另一个角度去看希特勒，苏联也不会失去数百万人的性命。但他却于1941年6月7日下令逮捕伊塞尔松，把他归到著名的第58条里，指责他从事“反苏活动”。
1941年4月，斯大林继续在巴尔干地区忍气吞声。4月6日，德国国防军及其匈牙利、意大利和罗马尼亚盟军对南斯拉夫和希腊发动了一场新的闪电战。打了12天，南斯拉夫就投降了。100万兵力的军队从战场上消失，而……德军只阵亡了151人。花了25天才消灭了希腊，英国的远征军不得不全面溃退。南斯拉夫遭到瓜分。莫洛托夫只得羞愧地藏起他于德军发动进攻之前几小时与南斯拉夫签订的互助协定。他向匈牙利人，而非……德国人发去了抗议信。
4月4日，朱可夫和铁木辛哥收到了总参情报部部长戈利科夫发来的报告，报告估计驻扎于苏联1800公里长的边境线上的德军师团有81到82个，从多瑙河河口一直延伸到涅曼河。4月16日，他又收到第二份报告，报告指出这些部队正在集聚大量渡河的工具。5月5日，第三份报告说有103到107个师团。朱可夫只察觉到了冒出河面的冰峰。从1940年12月28日起，斯大林就从各个来源收到了80多份报告，来源有内务人民委员部，总参情报部，国安委（NKGB），伦敦的捷克政府，丘吉尔的私人信函，南斯拉夫秘密情报部门，特工的报告，其中有大名鼎鼎的拉姆齐——理查德•佐尔格——从东京发来的报告，瑞士情报网，德国、匈牙利、罗马尼亚、瑞典、芬兰、意大利、保加利亚的线人……
灾祸到门前了。斯大林发出自相矛盾的指示，有时很坚定，有时却畏葸不前。说到坚定，4月13日，他签订了《苏日中立条约》，确保不在两条战线上开战。必须注意的是东京的外交部部长松冈洋右在这个时候坚持要和哈勒欣河一役的胜利者见面。他们只是礼貌地说了说话，但天皇的这位代表将朱可夫胜利者的自得之态看在眼里，并与朱可夫握了握手，这对斯大林似乎是个好兆头。