明朝末年的农民军起义是由于多方面原因引起的。首先，明朝政治的腐败导致了社会秩序的混乱和人民的不满情绪。其次，经济的崩溃也使得很多人陷入了贫困的困境。加上天灾，生产减少导致了粮食短缺，边防的军队因为缺粮饷而叛变，进一步加剧了社会的动荡不安。最终，清兵从北进攻，严重削弱了明军的抵抗力，使得明朝的内部流寇获得了更多的机会，坐大成为不可收拾的局面。
流寇开始的时候是在扇贝、山西一代，后来进入河北、河南，然后波及湖广、四川、江北，全国范围内四面八方都是变民。
但在此时，贼寇虽然数量众多，却处于独立作战，互不统属的状况。他们只为了吃上饭而四处进攻，胜利就一哄而上，战败就逃入山谷中躲藏。这样的状况，基本属于乌合之众，所以，明朝起初的时候进军剿匪，非常顺利，所向披靡。
到了高迎祥死后，张献忠、李自成等人开始改变策略，他们联合起来作战，逐渐使得整个流寇的团体汇合成了两股大势力。
此后，他们开始由流窜作战改为大规模的攻城战以及运动战。他们开始对准明朝的大都市襄阳、武昌、洛阳、开封、西安等等。尤其在河南新蔡、襄城的大战中，明朝的总督都战死。此时，天下大势已经基本陷入崩溃局面，明朝再也难以挽救。
剿匪期间，明朝的杨鹤、陈奇瑜、熊文灿非常失策。尤其是熊文灿，最后招降了张献忠的时候，居然还给他们发放粮饷，达到10万人的数额。要知道，当时明朝财政已经崩溃，入不敷出，难以维系。熊文灿居然还把响银给了流寇。结果，张献忠拿了朝廷的钱，日夜练兵，最终再次叛变。
而且朝廷的兵马也军纪败坏，烧杀抢掠，奸淫滥杀，无恶不作。如此，官军就成了百姓的敌人。明朝官军进荆襄时，百姓都箪食壶浆、争相迎接李自成进入。所以，流寇越来越多，势头越来越盛。
李自成的军队在后来已经能够用牛金星等士人为谋士，并且提出了“归闯王，不纳粮“的口号，以作为政治号召。李自成在襄阳称大元帅时，也选用文官为进士、举人，形成了初具规模的小范围科举选官制度。