人性思想
性善论
从思想渊源上讲，吉田松阴的性善论是以孟子的性善论思想为基础建构起来的。首先，吉田松阴指出：善的本性是人先天就有的而且是人人皆有的，“所谓性乃人生而持出也。所谓仁义礼智之性也。此性善而无恶，圣人与吾同者也。”
其次，吉田松阴继承并发挥了程朱理学“性即理”的思想，他表示：“人性即天理也。天理无恶。故性岂有恶哉。”可见，在他看来，天理和人性是根本一致的，恶与天理是毫无瓜葛的，或者说，天理本质上是纯善的。为了佐证自己性善论的观点，他举出了天地的例子，天是善的，因为它有太阳存在并通过太阳为地上自然物的生长提供了必要条件;从某种意义上说，地也是善的，因为它接受了太阳的气并化育成自然界的万事万物。“若无地，则虽有太阳，无法发育成长，是地之善也。然诸水旱、饥馑、疾疫，皆地气之所然也，是地之恶也。”
再次，吉田松阴探讨了人善的本性与肉体之间的关系问题。他认为人是具有“本然之性”的，即绝对的善的本性，但是人的“形气”即肉体遮蔽了它。人的肉体不同于本性，并非纯善的，它是善恶兼有的，比如：人们的欲望都是来自于肉体。吉田松阴进一步指出：此种形气之欲就是人们种种恶行的发源地和肇始。所以，为了保护自己的纯善本性，人们应当摈弃形气之欲。
忠诚论
地处日本西南部的长州藩是吉田松阴的故乡，长州藩大名毛利氏是吉田家族世代侍奉和辅佐的对象。在家庭教育的熏染下，加之吉田松阴天资聪慧，他在年少时就得到了藩主毛利敬亲的厚爱，所以报恩效忠的念头早已深深地植根于他的思想中。在1844年举行的廷试中，吉田松阴曾当众宣讲《孙子·虚实篇》，得到了毛利敬亲的认可与称赞并赏给他十四册的《七书直解》，这在精神上大大地激励了吉田松阴。可是，"尔来五稳之年，巷蒋逝矣。成何功而修何业，……为矩方者其心何如?忧之无他，如古人而已。自古志士仁人，感恩图报，往往尽一身之力，而继之以死。亦唯当厉精竭力，日夜无懈，孜孜家业，以死争之耳;则质虽鲁，性虽钝，岂不可报其万一哉。”主公有恩于我，我当以死相报，在所不辞，这一表面看似非常极端的忠诚其实就是当时武士的终极追求，吉田松阴也不例外。
首先，吉田松阴非常重视武士对藩主的绝对忠诚。这种观念一方面与他出生于武士世家有关联，另一方面也是他对当时日本社会种种丑恶现象经过深思熟虑后得出的结论。他认为，尽管当时西方列强窥觎日本，意欲香食，这虽是国家大事，但并不值得人们满腹忧虑，寝食难安。真正令人担忧的是在外敌当前之际，国内人心换散。如果大家齐心协;众志成城，那么尽管军事上处于劣势但仍可保家卫国。如果大家离心离德、士气低落，那么不消一场战斗，国家就可大败并向西方列强拱手称臣。“近来接对外夷之际，有失国体之事不少。事之至于此，皆因幕府诸藩之将士，其心不正，不能为国忠死。”
其次，吉田松阴否认了孟乎思想中“易姓革命”革命的合理性，主张从日本的实际出发切实强化下级对上级的忠诚意识。按照孟子的观点，如果为君者昏庸无道，则臣民可以“良禽择木而栖”，甚至可以釆用武力革命的方式推翻君主的统治，这也就是所谓的“易姓革命”。吉田松阴首先论述了日本有别于中国的独特国情，他说：“道者，天下公共之道，所谓同也。国体者，一国之体，所谓独也。君臣父子夫妇长幼朋友，五者天下同也。如皇朝君臣之义卓越于万国者，一国之独也。”
最后，尽管他曾主张忠诚于天皇，但是，对于藩主的忠诚意识更为浓厚和强烈。在绝对忠诚观念的影响下，吉田松阴并不赞同本藩臣民脱离本藩而为其他藩服务，他宣称：臣民生于何藩理应最终死于何藩。然而，他也对本藩藩主对外藩贤良所表现出的淡漠态度颇有微词，他力求藩主以更为博大的胸怀诚招贤良英才以便于为本藩服务。显而易见，他的这种主张和绝对忠诚观念是自相矛盾的。虽然吉田松阴在口口声声主张效忠天皇，其实他骨子里依旧笃信并践行着“武士—藩主—将军—天皇”的等级效忠制，这也正如他的表态：我是毛利家的臣子，我常年累月的勤学苦练都是为了侍奉自己的主人。“毛利家者天子之臣也，故日夜奉公于天子也。吾等忠勤于国主者，即忠勤于天子也”。
政治思想
一君万民论
吉田松阴曾经以“天下是万民的天下，不是一个人的天下。”为论点与坚持朱子儒学君臣有序的长州藩藩校明伦馆学头山县太华进行辩论。所谓“一人的天下”是指国家受天皇支配，天皇以下的万民平等，但万民需要为了天皇殊死拼搏。所以可以看出，松阴的理论是一种类似于平等主义的思想，是一种激进否定幕府的观点，并且也批判了天皇统辖万民的整体。不过在松阴的著作中并没有“一君万民”这一句，只不过是后人总结的而已。
飞耳长目
吉田松阴的学生有很多是普通百姓，不受幕府控制在日本各地自由活动，并且将各地情报报告被监禁的吉田松阴。吉田松阴很多有预见性质的思想，很多来自于对“飞耳长目”提供的情报的分析。
草莽崛起
“草莽”一词出于孟子，泛指乡野大众。吉田松阴在安政大狱被羁押时第一次提出草莽崛起，说明最后将倒幕的希望从武士自觉转移到了百姓身上。
对外思想
吉田松阴在他的《幽囚录》中说：凡英雄豪杰之立事于天下，贻谋于万世，必先大其志，雄其略，察时势，审时机，先后缓急，先定之于内，操所张弛，徐应之于外 …… 为今之计，不若谨疆域，严条约，以霸糜二虏(“二虏” 似指英美两国——引者注)。乘间垦虾夷，收琉球，取朝鲜，拉满洲，临印度，以张进取之势，以固退守之基。遂神功之所未遂，果丰国之所未果也。收满洲逼俄国，并朝鲜窥清国，取南洲袭印度。宜择三者之中易为者而先为之。此乃天下万世、代代相承之大业矣。